Einer der Schwerpunkte der ehrenamtlichen Tätigkeit vieler aktiver IFT-Mitglieder ist die Betreuung und Pflege von Fledermausquartieren. Das geht vom Kontakt herstellen und halten zu den Eigentümern und Nutzern der Immobilie /des Grundstückes über Beratungen zu geplanten baulichen Veränderungen, Kontrolle der Quartiere, regelmäßige Zählungen der anwesenden Tiere bis hin zu kilometerlangen Anfahrten, um ein verletztes oder verirrtes Tier zu bergen und zu versorgen. Die ermittelten Besatzzahlen der Quartiere werden durch die IFT-Mitglieder weitergemeldet und zentral in der Thüringer Fledermausdatenbank erfasst und verwaltet.
Neben der Dokumentation der Fledermausnachweise und der regelmäßigen Betreuung von Fledermaus-Quartieren setzen sich die Vereinsmitglieder aktiv dafür ein, dass Fledermäuse in der Öffentlichkeit mehr Sympathie gewinnen. So unterstützt die IFT seit Jahren die „Aktion FLEDERMAUSFREUNDLICH“ des Thüringer Ministeriums für Umwelt, Energie und Naturschutz.
In einigen Thüringer Regionen, wie zum Beispiel in Jena, Hundhaupten (LK. Greiz), Dosdorf (Ilmkreis) oder Ritschenhausen (Schmalkalden-Meiningen) ist es den Mitgliedern gelungen, regelmäßige Fledermausveranstaltungen, sogenannte „Batnights“ zu etablieren. Bei diesen Veranstaltungen wird konstant eine hohe Zahl an Besuchern und somit Kontakten erreicht.
In Kooperation mit der FMKOO realisieren IFT-Mitglieder in Eigeninitiative die fledermausfreundliche Wiederherrichtung von Kirchendachböden, aufgelassenen Bergwerken u.ä.
Bei der Vorbereitung und Durchführung von Informationsveranstaltungen im Natur und Umweltbereich ist die IFT in Person ihrer Mitglieder stets ein verlässlicher Partner für Behörden, Umweltverbände und lokale Akteure.
Die IFT konnte 2008 für die spektakuläre Rettung einer Mausohrwochenstube in Meiningen und 2016 für ihr langjähriges Engagement rund um das Artenhilfsprogramm Kleine Hufeisennase den Thüringer Naturschutzpreis der Stiftung Naturschutz Thüringen gewinnen.
Die Erforschung der Fledermäuse in Thüringen gilt für uns als Basis erfolgreicher Schutzarbeit. So konnte im Jahr 2012 die IFT als echtes Gemeinschaftswerk die 2. Auflage des Buches „Fledermäuse in Thüringen“ veröffentlichen, welches von der Thüringer Landesanstalt für Umwelt und Geologie herausgegeben wurde.
Im Jahr 2017 lobt die IFT erstmalig den „Johann-Matthäus-Bechstein Preis für besonderes Engagement im Thüringer Fledermausschutz“, den Bechstein-Preis aus.