Im Jahr 1996 nahm die Koordinationsstelle für Fledermausschutz in Thüringen ihre Arbeit auf. Sie fungierte als zentraler Anprechpartner in allen Fragen rund um Fledermäuse und ihren Schutz in Thüringen. Bei der Bewältigung der zahlreichen Probleme und Aufgaben ist der ehrenamtliche Fledermausschutz, allen voran die IFT e.V. ein wichtiger und verlässlicher Partner.
Gegründet wurde die FMKOO von Hartmut Geiger und hatte zunächst ihren Sitz in der staatlichen Vogelschutzwarte Seebach, wechselte aber noch im selben Jahr an das staatliche Umweltamt Erfurt. 
Ab Oktober 2000 erfolgte der Wechsel der Trägerschaft zur Umweltprojekt- und Dienstleistunggesellschaft GmbH Erfurt (UPD) und Herr Geiger erhielt Verstärkung durch Andreas Mehm und Karin Jäger. Von Mai 2004 bis April 2008 war die Koordinationsstelle ein Projekt der Stiftung Naturschutz Thüringen. Seit Mai 2008 wird sie per wechselnder Werkverträge aus Mitteln der Europäischen Union und Haushaltsmitteln des Freistaates Thüringen gefördert.
Andreas Mehm wechselte im Mai 2008 zum Umweltamt des Ilmkreises und seit Oktober 2008 arbeitete Julia Prüger in der Koordinationsstelle mit dem Schwerpunkt der FFH- Managementplanung. Für das DBU- Projekt der Kleinen Hufeisennase war von 2008 bis 2010 Michael Franz zuständig. Von Juli 2010 bis Ende 2011 war Christiane Kups als Projektmitarbeiterin für das Anhang IV- Monitoring in der FMKOO tätig.
Anfang 2012 übernahm die Thüringer Landgesellschaft zunächst für ein Jahr die Trägerschaft für die Koordinationsstelle für Fledermausschutz Thüringen mit den Mitarbeitern Hartmut Geiger und Karin Jäger. In dieser Form arbeitete die Koordinationsstelle bis zum 28. Februar 2013.
Seit dem 1. März 2013 ist die Koordinationsstelle für Fledermausschutz Thüringen in Person von Hartmut Geiger an der Staatlichen Vogelschutzwarte Seebach der Thüringer Landesanstalt für Umwelt und Geologie angesiedelt.